Le relief de la commune de Cinkassé1 est constitué d’une pénéplaine. Elle est peu accidentée, caractérisée par de grandes surfaces planes (250 mètres d’altitude moyenne) avec de faibles pentes vers les axes de drainage. Elles sont dominées par des buttes tabulaires atteignant rarement 300 mètres dans la partie Est de la commune.

La commune de Cinkassé1 jouit d’un climat tropical de type soudanais caractérisé par deux grandes saisons : une saison sèche de mi-octobre à mi-mai avec l’alizé continental et l’autre pluvieuse de mi-mai à mi-octobre. Le mois de mars avec ses chaleurs torrides, marque la transition entre la saison sèche et la saison des pluies. La saison sèche constitue un frein aux activités agricoles et rend plus difficile l’approvisionnement en eau de la population et du bétail. Généralement orageuse en mai, la saison des pluies se termine en octobre par des tornades violentes et brèves.

L’humidité relative ne dépasse pas 73% en août. En saison sèche, elle s’abaisse jusqu’à 15% en janvier du fait de l’harmattan, un vent desséchant, souffle du Nord-Est vers le Sud-Ouest durant 3 à 4 mois à partir du mois de novembre.

En raison de la forte insolation, les températures sont élevées avec de faibles amplitudes annuelles. Les maximas y sont nettement marqués en mars – avril entre 37°4 et 36°8 tandis que les minima entre 19°2 et 20°1 sont observées durant les nuits d’harmattan de novembre à janvier. Il en résulte une importante évaporation dépassant les 2 000 mm d’eau par an. La disponibilité en eau dépend des conditions climatiques (pluviométrie) et géologiques (nature du substrat rocheux).

Les eaux de surface, constituées de quelques rivières qui traversent la commune, tarissent par endroits en saison sèche, privant les populations d’eau pour plusieurs usages. Il existe une retenue d’eau dans le canton de Boadé.

En ce qui concerne les eaux souterraines, on note que la nappe phréatique peut descendre jusqu’à 100 mètres de profondeur suivant les récentes campagnes de forage.

Dans la commune de Cinkassé1, on rencontre des sols ferrugineux tropicaux à concrétions de granite et de gneiss, très dégradés et une pénéplaine granitique avec intrusions localisées de roches basiques. Ces sols ferrugineux tropicaux considérés comme les meilleurs du Nord-Togo drainent difficilement faute de la présence d’une cuirasse rapprochée.

La répartition de la végétation dépend de la géomorphologie (roches, topographie et sols) et de l’action anthropique (mise en culture, déboisement, protection). Ainsi, note-t-on un paysage assez homogène de savane faiblement arborée, à forte emprise agricole. On y trouve des espèces caractéristiques et protégées telles que Daniellia oliveri, Combretum, Butyrosperum paradoxum auxquelles s’ajoutent des espèces protégées par les paysans : néré (Parkia biglobosa), karité (Vitellaria paradoxa) ainsi que des plantations de kapokiers (Ceiba pentandra), de tecks (Tectonia grandis) et des manguiers (Mangifera indica). Avec l’action anthropique, ces espèces sont en voie de disparition.

La faune a disparu avec la pression démographique.